Причин может быть несколько, вот самый популярные из них:
1. Разные методы идентификации.
Все счетчики имеют свой набор параметров для идентификации пользователей, и как правило этот набор параметров у всех разный. Поэтому 2 визита на сайте одна система аналитики может посчитать как 2 разных посетителя, а другая как одного в зависимости от своей системы идентификации.
2. Место установки счетчика.
Системы аналитики могут стоять в разных местах в коде сайта. Одна может стоять в head, другая в body. В таком случае разница в статистике тоже неизбежна.
3. Заход пользователя на сайт с разных устройств.
Если пользователь посетил сайт с разных устройств и при этом был залогинен в Яндексе или Гугле, то Метрика или Аналитика посчитает его как за одного посетителя. У Ботфактор нет возможности отслеживать данные параметры, поэтому мы посчитаем это как 2 разных визита.
4. Очистка кук.
Если пользователь посетил сайт с одного устройства, потом очистил куки (cookies) и снова зашел на сайт, то Яндекс или Гугл посчитают как 2 визита, а Botfaqtor учитывает цифровые отпечатки (fingerprint) и посчитает как 1 визит.